Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics

저자: | 날짜: 2026-03-18 | URL: https://arxiv.org/abs/2603.17633 📄 PDF


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Essence

Figure 1

Figure 1. Overview of the Proposed Atomic Trajectory Modeling Framework.

State Space Models (SSM)과 Pairformer 기반 상태 전이 메커니즘을 결합하여 단백질 단량체 및 단백질-리간드 복합체의 원자 수준 MD 궤적을 생성하는 ATMOS 프레임워크를 제안한다.

Motivation

Achievement

Figure 2

Figure 2. Case Study on 1s79a00, a target from the test set of mdCATH. (A) the visualization of ensemble from MD simulat

How

Figure 1

Figure 1. Overview of the Proposed Atomic Trajectory Modeling Framework.

Originality

Limitation & Further Study

Evaluation

Novelty: 4/5 Technical Soundness: 3/5 Significance: 4/5 Clarity: 4/5 Overall: 4/5

총평: ATMOS는 SSM과 Pairformer를 창의적으로 결합하여 원자 수준의 생물분자 동역학 생성에 새로운 기준을 제시하는 중요한 연구이며, 계산 효율성과 모델 일반성 측면에서 기존 방법들의 한계를 효과적으로 극복한다.

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후속 연구SPECTER2 유사도 0.91 기준으로 'Multi-marginal temporal Schrödinger Bridge Matching from unpaired data'의 AI4S 방법론을 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'의 과학 생산·평가 맥락과 함께 보면 연구 자동화의 의미를 입체적으로 볼 수 있다.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.92 기준으로 'MoCDiff: Efficient Motif-Constrained Discrete Diffusion for Molecule Generation'의 AI4S 방법론을 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'의 과학 생산·평가 맥락과 함께 보면 연구 자동화의 의미를 입체적으로 볼 수 있다.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.93 기준으로 'ProMiSE: Protein Multi-State Evaluation Benchmark in Biological Contexts'의 AI4S 방법론을 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'의 과학 생산·평가 맥락과 함께 보면 연구 자동화의 의미를 입체적으로 볼 수 있다.
응용 사례생체분자 궤적 생성 프레임워크를 실제 시뮬레이션 문제에 적용한다.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.92 기준으로 'RobustDock: Robust Generative Flexible Docking with Long-Tailed Data'의 AI4S 방법론을 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'의 과학 생산·평가 맥락과 함께 보면 연구 자동화의 의미를 입체적으로 볼 수 있다.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.92로 Computational Molecular Design와 Molecular Simulation and Generative Modeling가 맞닿아, 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'가 이 ICML 2026 논문의 배경·대안·응용 맥락을 보완한다.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.91로 Computational Molecular Design와 Molecular Simulation and Generative Modeling가 맞닿아, 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'가 이 ICML 2026 논문의 배경·대안·응용 맥락을 보완한다.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.92 기준으로 'Steering Sequence Generation in Protein Language Models through Iterative Lookback Monte Carlo Sampling'의 AI4S 방법론을 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'의 과학 생산·평가 맥락과 함께 보면 연구 자동화의 의미를 입체적으로 볼 수 있다.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.93로 Computational Molecular Design와 Molecular Simulation and Generative Modeling가 맞닿아, 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'가 이 ICML 2026 논문의 배경·대안·응용 맥락을 보완한다.
후속 연구Pairformer 기반 상태 전이 메커니즘을 확장하여 원자 수준 모델링에 적용함.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.92로 Scientific Machine Learning for Dynamics와 Molecular Simulation and Generative Modeling가 맞닿아, 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'가 이 ICML 2026 논문의 배경·대안·응용 맥락을 보완한다.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.93 기준으로 'Boltz-Jump: Accelerated Sampling of the Conformational Landscape of Biomolecular Structure Prediction Models'의 AI4S 방법론을 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'의 과학 생산·평가 맥락과 함께 보면 연구 자동화의 의미를 입체적으로 볼 수 있다.
후속 연구단백질-리간드 상호작용의 원자 수준 모델링을 확장하는 연구이다.
후속 연구SPECTER2 유사도 0.92로 Computational Molecular Design와 Molecular Simulation and Generative Modeling가 맞닿아, 'Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics'가 이 ICML 2026 논문의 배경·대안·응용 맥락을 보완한다.
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